Realizacja projektów współfinansowanych ze środków unijnych wymaga wskazania przez beneficjenta tzw. wydatków kwalifikowalnych, czyli wydatków lub kosztów ponoszonych przez beneficjenta w związku z realizacją projektu, które kwalifikują się do wspólnotowego wsparcia. Tylko bowiem wydatki kwalifikowalne podlegają finansowaniu w jakiejkolwiek z przewidzianych prawem form (np. zaliczka, refundacja).Ocena kwalifikowalności wydatku polega na analizie zgodności jego poniesienia z obowiązującymi przepisami. Zasadniczo, wydatkiem kwalifikującym się do współfinansowania jest wydatek, który został poniesiony przez beneficjenta we wskazanym w umowie o dofinansowanie okresie, został dokonany w sposób oszczędny i efektywny (tzn. w oparciu o zasadę dążenia do uzyskania założonych efektów przy jak najniższej kwocie wydatku), został należycie udokumentowany i jest niezbędny do realizacji projektu, a ponadto jego poniesienie pozostaje w zgodzie z zasadami wyrażonymi w obowiązujących przepisach prawa wspólnotowego oraz krajowego. Oceny kwalifikowalności – uwzględniającej wymienione powyżej aspekty – dokonuje się zarówno na etapie wyboru projektu do dofinansowania, jak i podczas jego realizacji. Na etapie wyboru projektu sprawdzeniu podlega potencjalna kwalifikowalność wydatków ujętych we wniosku o dofinansowanie. Należy jednak zaznaczyć, że przyjęcie danego projektu do realizacji i podpisanie z beneficjentem umowy o dofinansowanie nie oznacza, że wszystkie wydatki, które beneficjent przedstawi do refundacji w trakcie realizacji projektu, będą kwalifikować się do współfinansowania. Wynika to z tego, że jak to już wyżej wskazano, kwalifikowalność poniesionych wydatków weryfikowana jest również w trakcie realizacji projektu, kiedy to beneficjent przedkłada kolejne wnioski o płatność, jak również w trakcie przeprowadzanych kontroli. Na tym etapie może się z kolei okazać, że w związku z wystąpieniem określonych zdarzeń zależnych lub niezależnych od beneficjenta, konkretny wydatek utraci kwalifikowalny charakter. Takimi zdarzeniami powodującymi zmianę charakteru wydatku mogą być np. zmiana sposobu wykorzystywania inwestycji zrealizowanej w ramach projektu powiązana z uzyskaniem przez beneficjenta możliwości odliczenia podatku naliczonego poniesionego w związku z projektem, czy też niewłaściwe udokumentowanie okoliczności poniesienia wydatku. Podsumowując przedstawione uwagi uzasadnione jest twierdzenie, że w każdym przypadku beneficjenci powinni na bieżąco weryfikować status wszystkich ponoszonych i poniesionych wydatków. Takie działanie pozwoli bowiem uniknąć negatywnych konsekwencji związanych  z uzyskaniem nienależnego dofinansowania, w tym w szczególności obowiązku zapłaty wysokich odsetek w przypadku konieczności zwrotu otrzymanych kwot.